1、核定征收管理风险巨大
核定征收是一种粗放的管理方式，主要是针对没有建账的或者建了账但是税务机关不信的。
核定征收原本是惩罚性措施，但在实务中，却逐渐成为了一种“税收优惠”。目前，核定征收存在非常大的风险！
2、造成税款直接流失
一是核定征收企业发生大额股权转让或财产转让，无论产生多少所得，都只能按照该行业的应税所得率进行征收，导致税款流失。
二是核定征收企业主营项目确定有误，或主营业务发生重大变化未及时向税务机关申报调整，导致核定的应税所得率低于行业下限，导致税款流失。
三是核定征收税款少于按会计利润计算的应纳所得税款，导致税款流失。
3、造成下游企业计税基础减少
主要途径有2个：
1）定额征收企业在定额范围内存在代开、虚开专用发票或普通发票的行为，对下游企业的所得税税基造成侵蚀。
2）定率征收企业由于实际税负低，存在承担少量税款而开具大量发票用于下游企业按25%税前扣除的情况（特别是关联企业），侵蚀企业所得税税基。
4、造成上游企业税款流失
按收入定率征收企业或定额征收企业，由于没有支出发票也不影响所得税的计算，可能不向上游企业索取发票，将导致上游企业藏匿收入，少缴增值税和消费税。
随着税收现代化服务的不断推进，核定征收程序流于形式，核定的税额未能反映企业的实际纳税能力，造成国家税源的损失，容易滋生税收腐败等问题。逐步实现取消核定征收，能减少税源损失、保证了税收的公平性。
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